A primeira etapa da Copa MS de Futebol Sub-16 está agendada para o período de 14 a 19 de outubro, em Aparecida do Taboado. Já a segunda etapa acontece de 21 a 26 de outubro, em Itaporã. A terceira etapa foi programada para o período de 4 a 9 de novembro, em Angélica, enquanto que a quarta fase será de 18 a 23 de novembro, em Porto Murtinho.
A final da Copa MS de Futebol Sub-16 acontece no município de Anastácio e deverá ser disputada no período de 2 a 7 de novembro.