O juiz Roberto Lemos dos Santos Filho, da 1ª Vara Federal de Bauru, determinou à América Latina Logística S.A. e outras companhias do grupo, a All Holding, All América Latina Logística Malha Paulista S.A., All América Latina Malha Oeste S.A. que se abstenham de operar trens na malha ferroviária encravada nos Municípios abrangidos pela jurisdição da 8ª Subseção da Justiça Federal de São Paulo, em razão do descumprimento de normas legais e de um acordo homologado na esfera judicial, e estabeleceu uma multa de R$ 100 mil por dia em caso de desobediência.
Em junho de 2011, durante audiência de conciliação em ação civil pública proposta pelo MPF, a ALL Malha Oeste S.A. e a ALL Malha Paulista S.A. comprometeram-se a realizar obras de manutenção e serviços na superestrutura dos trechos abrangidos pela ação. Também comprometeram-se a substituir dormentes inservíveis, elaborar um projeto para identificação das intervenções necessárias em todas as passagens e a executar um programa de manutenção e conservação que garanta, de forma continuada, as boas condições de segurança da linha férrea.
Mas, após uma vistoria feita por perito do Ministério Público Federal entre os dias 17 a 19 de abril deste ano, ficou constatado que a ALL não cumpriu parte do acordo, sendo verificada a permanência de pendências com relação aos trechos entre Bauru-Promissão e Bauru-Pederneiras. Verificou-se que há trilhos corrugados/patinados e elevada taxa de dormentes inservíveis, o que torna os trechos perigosos e suscetíveis a acidentes. Após ser informada pelo MPF, a Justiça decidiu pela suspensão das operações da empresa.
