Segundo os autos, o crime foi cometido, no final de 2006, contra uma seguidora da Assembleia de Deus dos Últimos Dias, presidida pelo acusado. O estupro teria acontecido nas dependências da igreja.
O pastor também é investigado por associação ao tráfico de drogas, lavagem de dinheiro e homicídio. Marcos Pereira ficou conhecido por fazer cultos em comunidades carentes e presídios.