A compra da vacina contra a febre aftosa para imunizar o rebanho nacional todos os anos é de responsabilidade do produtor rural. Nas duas etapas da campanha nacional contra a doença, realizadas a cada ano, são utilizadas em torno de 300 milhões de doses aplicadas em bois e búfalos. A aquisição da vacinas é de competência exclusiva dos produtores rurais brasileiros. O Ministério da Agricultura organiza o calendário nacional de vacinação e atesta que haverá produto em quantidade suficiente e devidamente testado pelo governo para a realização da campanha.
A Secretaria de Defesa Agropecuária do Ministério da Agricultura informa que o pecuarista deve comprovar aos governos estaduais que comprou a vacina em quantidade compatível com seu rebanho. A medida serve para garantir o controle do cumprimento das metas de vacinação. A escolha da marca comercial da vacina fica a critério do produtor rural. A função do governo é registrá-las e testar 100% dos lotes antes de serem comercializados.
Em situações especiais, o governo adquire a vacina contra febre aftosa, como aconteceu no caso da imunização dos bovinos e bubalinos em regiões de alto risco para a doença, no Amazonas, Amapá e Roraima. Nessa situação específica, a aplicação das doses é feita por fiscais do serviço veterinário oficial, que aproveitam a oportunidade para inspecionar clinicamente os animais, cadastrar e geolocalizar as propriedades rurais. O Ministério ainda doou vacinas para a Bolívia para auxiliar no controle nas regiões de fronteira com o Brasil.
Atualmente, no país, são comercializadas nove marcas comerciais de vacinas contra febre aftosa das seguintes empresas: Biogenesis, Biovet, Biotecn, Coopers, Inova, Intervet, Merial, Ourofino, Pfizer e Vallèe.
