A ex-chefe de gabinete da Presidência da República em São Paulo Rosemary Noronha usou a estrutura do órgão, em junho de 2004, para articular a derrubada do então chefe da Controladoria-Geral da União (CGU) no Estado, João Delfino Rezende de Pádua, porque ele contrariava interesses do PT. O pedido para a troca no órgão que combate a corrupção com verbas federais partiu de Paulo Vieira, o ex-diretor da Agência Nacional de Águas (ANA) indiciado com Rose após a Operação Porto Seguro, da Polícia Federal. Em uma troca de e-mails em 8 de junho de 2004, Vieira encaminha a Rose, com "saudações petistas", um relato do descontentamento de setores da sigla com Pádua, que havia sido nomeado em fevereiro do mesmo ano. As informações são do jornal Folha de S. Paulo.
Vieira reclama que, após Pádua assumir, afastou quatro pessoas ligadas ao PT dos cargos comissionados da CGU em São Paulo e diz ainda que Pádua fica divulgando sua falta de ligação com o PT. Os anexos do e-mail de Vieira são reportagens sobre auditorias da CGU que apontavam irregularidades na Codesp em 2003. O advogado de Rosemary Noronha no processo da Operação Porto Seguro, Celso Vilardi, disse que não comentaria a atuação da cliente na tentativa de trocar o comando da Controladoria-Geral da União em São Paulo. O hoje dirigente nacional do PT Paulo Frateschi, que em 2004 era presidente estadual do partido em São Paulo, não respondeu a recado deixado em seu celular.
